2001年3月16日，根据自治区水利厅及拉善盟行政公署关于实行城乡水务一体化管理的有关文件精神，阿拉善左旗水利局接管全旗城镇供排水、防洪、排污等业务，组建"阿拉善左旗水务局"。
改组后，阿拉善左旗水务局内设办公室、工程项目建设管理办公室、水政水资源办公室、防汛抗旱办公室、公用事业管理办公室5个股室；辖水利队、水保站、机井管理站、抗旱服务队4个局属二级单位；
主要职责
（一）贯彻执行国家和自治区有关水务工作的方针、政策和法律法规，研究拟定全旗水务工作的政策法规、发展战略和中长期规划，并监督实施。
（二）统一管理全旗水资源（含空中水、地表水、地下水）。组织拟定全旗和跨地区水长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织有关国民经济总体规划、城镇规划及建设项目的水资源和防洪、除涝、排水的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布全旗水资源公报、水质年报和城镇供水公报；配合上级水文管理部门做好全旗水文工作。
（三）负责全旗水资源需求管理工作，拟定全旗节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准，组织、指导和监督全旗节约用水工作。
（四）负责全旗水体保护和废水的污染防治工作；按照国家和自治区资源与环境保护的有关法律法规和标准，拟定水资源保护规划；组织水功能区划分和向饮水区等水域排污的控制；监测河道水域的水量；审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见；开展水质监测等工作。
（五）负责城乡供水（包括工农业供水和人畜饮水、改水、配水、节水、排水、污水处理和回用回灌及其相应的费用征收等工作。
（六）负责全旗水政监察和水行政执法；协调并仲裁全旗范围内的水事纠纷。
（七）拟定水行业的经济调节措施，对水行业各类专项资金的使用进行检查、监督和宏观调节。协调水行业的供水、排水、污水处理、农业用水的价格和多种经营工作；研究提出有关水务的价格、税收、信贷、财务等经济调节的意见；组织征收水务各项规费；监督水务系统国有资产保值增值。
（八）编制、审查全旗水务建设项目的项目建议书；组织指导辖区内河流、水域的治理开发；组织指导水设施、水域及其岸线的管理与保护；组织建设和管理水利水保工程，负责水利水保工程的安全监管。
（九）负责全旗各类水务工程的规划、勘测设计工作。指导农牧区水务工作，组织协调全旗农田草牧场水利基本建设、乡镇供水、农牧区改水工作。组织协调全旗抗旱服务工作。
（十）负责全旗水土保持工作。编制、审批建设项目水土保持方案；研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治。负责征收水土流失防治费和补偿费。
（十一）负责全旗水行业科技教育工作和水务队伍建设。
（十二）承担旗防汛指挥部门日常工作。组织、协调、监督、指导全旗防洪防凌工作，对河流、湖泊和水务工程实施防汛抗旱调度。
（十三）履行有关地热水、矿泉水的管理职责。
（十四）对人工影响天气，改变降水的时间、数量、强度和范围提出意见。
（十五）承办旗政府及盟水务局交办的其他事项。